希望の種。一粒の種が芽を出し、花をつけ、やがて数千万の希望となって世界中に飛び散っていく。 そんな希望の種を狙ってアクダイカーンが動き出した！
一方その頃、フラッピの頭にも異変が起こっていた…なんと頭から芽が生えてきておおあわて… でも、咲は「ちょっと似合っているかも」なんていいつつ、舞とふたりでスケッチを始める始末。
そこに、ゴーヤーンの送り込んだ“絶望の実”。咲と舞もプリキュアに変身するものの、絶望の実が大繁殖してもう大変！ 果たして絶望の実の正体は！フラップの頭の芽は！？そして、プリキュアたちはこのピンチを切り抜けられるのか！？